"Машет" или "машит": как пишется, какое спряжение, окончание глагола?

Правильно пишется "машет рукой". Это глагол "махать" в форме привязанной к конкретному субъекту (третьему лицу единственного числа) настоящего времени. 

1. Глагол "махать" является непереходным (без дополнения, т.е. без кого-то или чего-то, за исключением дополнения инструмента) и имеет значение "двигать конечности (обычно рукой или руками) в пространстве с определенной целью".

2. Пример спряжения глагола "махать" в настоящем времени:
- Я машу
- Ты машешь
- Он/она/оно машет
- Мы машем
- Вы машете
- Они машут

3. Окончание глагола в 3-ем лице единственного числа в настоящем времени - "ет".

Таким образом, правильно будет написать "машет рукой". А в отрицательной форме это будет "не машет", при этом окончание остается неизменным ("ет"). 

В заключение, важно помнить правильное применение форм глагола "махать" в зависимости от лица, числа и времени, чтобы избежать ошибок в письменной и устной речи. Успехов в изучении русского языка!